O Unibanco é controlado pela Unibanco Holdings, que detém participação de 59,4% do capital total do grupo financeiro. Essa estrutura, criada em 1994, permitiu ao banco alavancar capitalizações relevantes para seu crescimento e viabilizar aquisições. Os dividendos por ação das duas empresas são praticamente idênticos, graças à conjugação de três fatores:

O número de ações que perfazem o capital da Holdings é igual ao número de ações do Unibanco possuídas pela Holdings.

Os dividendos recebidos do Unibanco são a única fonte de caixa da Holdings.

A Unibanco Holdings distribui 100% dos dividendos que recebe após a formação de reservas legais (veja Política de dividendos).

Em fevereiro de 2005, dois dos principais sócios estratégicos do Unibanco, Commerzbank e BNL, venderam, por meio de uma distribuição pública secundária, 45.897.387 Units, representativas de 7,2% das ações preferenciais do Unibanco e 8,9% das do Unibanco Holdings. Como resultado da oferta, Commerzbank e BNL deixaram de ser sócios do Unibanco. A operação incluiu um lote suplementar (green shoe) de 4.177.661 Units do BNL, equivalentes a até 10% das inicialmente ofertadas (41.719.726).

A operação movimentou R$ 718 milhões, ao preço de R$ 15,65 por Unit, sendo 9,09% de vendas para o varejo e o restante para investidores institucionais. Foi realizada apenas no mercado brasileiro, o que proporcionou um aumento de liquidez das Units na Bovespa. O float de Units registrou um incremento de 70,3% no Brasil e de 11,5% no total, em comparação a dezembro de 2004.